Em janeiro de 1999 começou a funcionar o Sistema de Controle Interno e a Auditoria Geral, ao longo do segundo governo Almir Gabriel, começou a fiscalizar as ações e atos governamentais, concebendo os procedimentos de orientação pedagógica para os erros e as irregularidades administrativas e contábeis encontrados.
No período 2003 a 2006, já no governo Simão Jatene, a AGE deu continuidade a essas ações, agregando agora a atividade de auditoria, de forma associada e complementar à atividade de fiscalização. Também, chamou para si a responsabilidade pela capacitação permanente e periódica dos Agentes Públicos de Controle (APC's), que exercem o controle interno no âmbito de cada órgão ou entidade.
Sob a coordenação da AGE do Pará, foi realizado em junho de 2004, na cidade de Belém, o Fórum Nacional de Controle Interno (FNCI), que hoje se chama Conselho Nacional dos Órgãos de Controle Interno dos Estados Brasileiros e do Distrito Federal (CONACI). A então gestora da AGE foi eleita primeira Presidente do FNCI, sendo posteriormente reeleita.
Em 2006, a AGE realizou concurso público, sendo aprovados vários servidores que tomaram posse no inicio do ano seguinte, dentre os quais 30 Auditores de Finanças e Controle. A partir daí a Auditoria Geral passou a contar com um quadro efetivo e ampliou a sua capacidade técnica.